Acte 1
Dans un lac baigné par un clair de lune, les trois sœurs de la naïade Rusalka s’amusent entre elles. L’ondin, leur père, arrive et joue avec ses enfants. Rusalka confie ses angoisses à son père : elle est tombée amoureuse d’un prince qui vient parfois se baigner dans les eaux du lac. Elle est tellement éprise qu’elle voudrait quitter les profondeurs, devenir femme et vivre avec lui.

Inquiet pour son bonheur et conscient du danger que représente cet amour pour sa fille, l’ondin essaie de l’en dissuader. Comme elle insiste, il lui dit qu’une seule personne peut l’aider : la sorcière Ježibaba.

Celle-ci apparaît et accepte d’aider la jeune fille à se transformer, en la prévenant que son amour sera difficile car, dans le monde humain, Rusalka devra rester muette. En outre, si jamais elle devait être rejetée par celui qu’elle aime, elle serait maudite à jamais.

Rusalka est persuadée que la force de son sentiment lui permettra de triompher de toutes ces difficultés : elle boit la potion qui accomplit sa transformation.

Le prince arrive. Séduit par sa beauté, il demande à Rusalka si elle est une fée ou une vraie femme. Rusalka ne peut que lui tendre ses bras. Le prince l’emmène avec lui…

Acte 2
Au château, on prépare les noces du prince avec Rusalka. Deux serviteurs, le garde forestier et le garçon de cuisine, discutent de ce mariage imminent. Tous deux ont peur de cette femme étrange et muette, et ils s’inquiètent pour le bonheur de leur maître.

Le prince est toujours épris de Rusalka, mais il est déconcerté par son mutisme et sa froideur. Quand il l’implore de l’aimer avec plus de passion, une princesse étrangère apparaît. Elle charme facilement le jeune prince et dénigre Rusalka qui ne peut pas se défendre. Le prince tombe vite amoureux de cette autre princesse qui parle et qui réagit normalement.

L’ondin pénètre alors dans le château. Il vient chercher Rusalka qui a compris que le prince la rejette pour la princesse étrangère…  

Acte 3
Retournée au fond du lac, Rusalka gémit sur son sort : ni femme ni naïade, elle a désormais pour mission d’entraîner les hommes à leur mort. Elle implore Ježibaba de l’aider à nouveau. Mais celle-ci lui propose de se venger en tuant celui qui l’a délaissée. Épouvantée, Rusalka rejette ses conseils.

Le garde forestier et le garçon de cuisine viennent aussi demander de l’aide à Ježibaba : depuis le départ de Rusalka leur maître est malade et se languit. L’ondin apparaît tout d’un coup et accuse le prince d’avoir trahi Rusalka. Effrayés, les deux serviteurs s’enfuient.

Obsédé par Rusalka, le prince la cherche désespérément. Soudain, elle apparaît devant lui. Elle peut lui parler maintenant et elle lui reproche tendrement de l’avoir abandonnée. Quand le prince lui demande de l’embrasser, Rusalka l’avertit que ce serait au prix de sa mort. Elle l’embrasse passionnément. Dans les bras de Rusalka, le prince meurt heureux…