ACTE I
Le savant Faust est aux prises avec le vieillissement. Il considère que ses meilleures années sont déjà derrière lui. Seul l’écho des voix de filles au loin le retient de se suicider (N°1 Introduction et N°2 Scène et Chœur « Rien ! »). Faust aspire à la jeunesse. Il s’en prend à Dieu (N°3 Scène « Mais ce Dieu, que peut-il pour moi ? »). 

C’est alors qu’un mystérieux étranger apparaît dans la demeure de Faust : Méphistophélès. Il lui propose de lui rendre sa jeunesse. En échange, l’âme de Faust lui appartiendra après sa mort. Faust accepte le pacte. Une potion magique de Méphistophélès le transforme en jeune homme (N°4 Duo « Me voici ! »).

ACTE II
Faust et Méphistophélès partent dans le monde pour se mêler aux gens (N°5 Chœur général « Vin ou bière »). Le soldat Valentin est appelé sous les drapeaux. Un cadeau de sa sœur Marguerite lui apporte de la force et du réconfort (N°6 Scène, Récitatif et Cavatine « Ô sainte médaille »). L’étudiant Siebel lui aussi s’enthousiasme pour Marguerite. Il est amoureux d’elle. 

Méphistophélès perturbe la sérénité de la soirée. Il provoque toute l’assistance par une chanson qui proclame que le monde est fou et que Satan en est secrètement le souverain (N°7 Rondeau du veau d’or). Lorsque Méphistophélès fait la démonstration de ses pouvoirs magiques, l’ambiance bascule (N°8 Scène et Chœur « Merci de ta chanson ! »). 

Méphistophélès est chassé (Choral des épées). Faust et Méphistophélès partent pour de nouvelles aventures. Dans une soirée, ils rencontrent Marguerite. Faust tombe immédiatement amoureux d’elle. Siebel est contraint d’observer Faust qui tente de séduire Marguerite. Mais, dans un premier temps, celle-ci l’éconduit. Méphistophélès promet à Faust de l’aider à conquérir l’amour de Marguerite (N°9 Valse et Choeur « Ainsi que la brise légère »).

ACTE III
L’amoureux Siebel apporte des fleurs devant le logis de Marguerite. Mais son cadeau se fane dans ses mains (N°10 Entracte et Couplets « Faites-lui mes aveux »). Faust et Méphistophélès sont également aux aguets devant la maison (N°11 Scène « C’est ici ? »). Faust se grise de son amour pour Marguerite (N°12 Cavatine « Quel trouble inconnu me pénètre »). 

Méphistophélès apporte des bijoux précieux qu’il place devant la porte de Marguerite en guise de cadeau (N°13 Récitatif « Alerte ! La voilà ! – Fuyons ! »). Dans sa chambre, Marguerite pense toujours à l’étrange jeune homme qu’elle a rencontré pendant la danse (N°14 Scène et Air « Je voudrais bien savoir quel était ce jeune homme »). Elle cherche à se changer les idées en évoquant une histoire d’amour (Chanson du roi de Thulé). Mais lorsqu’elle découvre les bijoux, l’expérience inédite que lui procure le précieux cadeau la plonge dans un état d’excitation (Air des bijoux). Marthe, la voisine de Marguerite, lui conseille d’accepter le cadeau. 

Finalement, Faust et Méphistophélès sortent de leur cachette (N°15 Scène « Seigneur Dieu ! Que vois-je ? »). Tandis que Méphistophélès distrait Marthe qui s’enflamme rapidement pour lui, Faust se promène avec Marguerite (N°16 Quatuor « Prenez mon bras un moment ! »). À nouveau, Marguerite veut prendre congé de Faust. Mais, encouragé par Méphistophélès, celui-ci s’obstine (N°17 Scène « Il était temps ! »). Faust et Marguerite se rapprochent l’un de l’autre (N°18A Duo « Il se fait tard ! »). Lorsque Faust hésite à franchir le pas ultime, Méphistophélès reprend la situation en main (N°18B Scène « Tenez ! Elle ouvre sa fenêtre… »).

ACTE IV
Quelques semaines ont passé. Marguerite est enceinte. Et Faust l’a quittée (N°19 Scène et Air « Il ne revient pas. »). Siebel doit admettre que Marguerite ne l’aimera jamais. Il lui promet de rester toujours malgré tout un soutien pour elle (N°20 Récitatif et Couplets « Versez vos chagrins dans mon âme ! »). 

Seule dans un lieu public, Marguerite est torturée par de mauvais pressentiments. Méphistophélès lui fait peur (N°21 Scène de l’église « Seigneur, daignez permettre à votre humble servante »). Parmi d’autres soldats, Valentin revient à la maison (N°22 Chœur des soldats). Siebel essaie de lui cacher la grossesse de Marguerite, mais il ne parvient pas à empêcher Valentin de se rendre chez elle (N°23 Récitatif et Scène « Allons, Siebel ! Entrons dans la maison ! »). 

Faust aussi veut revoir Marguerite. Méphistophélès chante une sérénade railleuse sous sa fenêtre (N°24 Sérénade « Vous qui faites l’endormie »). Valentin voit sa sœur déshonorée et raillée par Faust et Méphistophélès. À nouveau provoqué, il les attaque tous les deux. Pendant le combat, il est blessé mortellement par Faust (N°25 Trio du duel « Quel voulez-vous, messieurs ? »). Faust et Méphistophélès s’enfuient. En mourant, Valentin maudit sa sœur (N°26 Mort de Valentin).

ACTE V
Faust et Méphistophélès fendent la nuit (N°27 La nuit de Walpurgis et N°28 Bacchanale). Lors d’une apparition, Faust voit Marguerite tuer son enfant nouveau-né. Il veut la rejoindre (Fin du N°29 Scène « Qu’as-tu donc ? »). Faust trouve Marguerite confuse et exténuée. Pleine d’angoisse et de sentiments de culpabilité, elle refuse toute aide de sa part (N°30 Scène de la prison). Méphistophélès les exhorte tous deux à s’enfuir avec lui. Mais Marguerite refuse. Elle ne croit plus pouvoir être sauvée (N°31 Trio final « Alerte, alerte ! »). Faust se voit damné. Mais la rédemption vient d’un côté inattendu (N°32 Apothéose « Sauvée »).