Acte I
La Place Rouge à Moscou au lever du jour

Kouzka, un strelets (singulier de « streltsy »), qui s’est assoupi en montant la garde, chante au réveil, dans un demi-sommeil. Arrivent deux de ses compagnons, qui, tout en se moquant de lui, se vantent de leurs exactions de la veille, qui annoncent les luttes qui déchirent le pays. Un clerc entre alors. Il est abordé par le boyard (noble russe) Chakloviti qui lui demande d’écrire une lettre anonyme adressée aux autorités suprêmes et accusant le prince Ivan Khovanski de vouloir semer le désordre dans l’Etat pour asseoir son fils Andrei sur le trône. Il s’exécute, moyennant une somme d’argent. Les Moscovites, apercevant des inscriptions sur un pilier, obligent le clerc à leur en lire le contenu : il s’agit d’une déclaration qui annonce les nombreuses déportations et exécutions opérées par les streltsy. Lorsqu’arrive Ivan Khovanski (surnommé le « cygne blanc »), il est acclamé par la foule à laquelle il assure qu’il luttera contre la trahison, fruit des idées nouvelles, qui sévit en Russie. Après avoir ordonné aux streltsy de patrouiller dans la ville, il sort, suivi par sa suite. Paraît alors Emma, une jeune Allemande poursuivie avec insistance par le prince Andrei Khovanski. Celui-ci s’apprête à l’embrasser de force, lorsque Marfa, une jeune veuve de la secte des Vieux- Croyants, qui a été autrefois sa maîtresse, s’interpose. Elle reproche au prince sa trahison et exige qu’il laisse partir Emma. Furieux, le jeune homme s’élance sur elle pour la poignarder, mais Marfa parvient à parer le coup. Le retour du prince Ivan met fin à l’affrontement. Mais une nouvelle dispute éclate, cette fois entre le père et le fils, car Ivan a lui aussi des vues sur Emma. Lorsqu’il ordonne à ses gardes de s’en emparer, Andrei menace de la tuer plutôt que de la livrer aux streltsy. L’arrivée de Dosifei empêche Andrei de mettre sa menace à exécution. Le chef des Vieux- Croyants confie la garde d’Emma à Marfa et prie Khovanski et les streltsy de sauver l’ancienne foi. Tandis que ces derniers retournent au Kremlin, Dosifei et les siens implorent le Seigneur.

Acte II
Le palais du prince Golitsine, ex-amant de la tsarevna

Le prince lit une lettre de Sophie, mais reste suspicieux : l’appel passionné qu’elle lui lance pourrait cacher un piège. Varsonofiev, un de ses proches, vient interrompre ses méditations et introduit Marfa, que le prince a convoquée pour qu’elle lui lise l’avenir. Penchée sur un bassin rempli d’eau, elle invoque les esprits et prédit à Golitsine le malheur, la disgrâce et l’exil. Furieux, le prince la congédie et ordonne à Varsonofiev de la noyer dans le marécage. Resté seul, Golitsine se laisse aller au désespoir. Entre alors Ivan Khovanski, qui reproche au prince de vouloir supprimer les privilèges des boyards. La discussion devient de plus en plus vive, mais l’arrivée de Dosifei la calme quelque peu. Il invite les deux adversaires à retourner à leurs vieilles causes et à chercher une solution pour sauver la Russie des innovations introduites par le tsar Pierre. La dispute reprend de plus belle, lorsque retentit, au loin, le chant des Vieux-Croyants, qui passent en procession. Khovanski les applaudit, tandis que Golitsine récuse ces fanatiques qui ne sont que des sectaires. Marfa fait irruption et raconte comment elle a été attaquée par un serviteur de Golitsine dans le marécage de Belgorod. C’est grâce à l’intervention des soldats du tsar Pierre, les pétrovsky, qu’elle a pu être sauvée. Chakloviti apparaît. Il annonce qu’on a accusé les Khovanski d’attentat contre le trône, que le tsar Pierre a appelé ce complot la « Khovantchina » et qu’il a ordonné de les arrêter.

Acte III
Le faubourg des Streltsy, de l’autre côté de la Moskova

Les Vieux-Croyants entonnent un chant fustigeant l’hérésie. Marfa, restée seule près de la maison des Khovanski, songe à son amour pour Andrei, qui l’a trahie, et a une vision du bûcher sur lequel son amant et elle mourront. Susanna, du parti des Vieux-Croyants, lui reproche cet amour impie et l’accuse d’intrigues diaboliques. Dosifei intervient, chasse Susanna et console Marfa en lui conseillant d’oublier sa peine en se consacrant entièrement à la lutte pour le bien de son pays. Chakloviti passe par le faubourg. Il prie Dieu pour qu’Il donne à la Russie un tsar qui la soulage de sa misère. Une foule de streltsy ivres fait irruption. Ils chantent, dansent et sont poursuivis et injuriés par leurs femmes furieuses. Le strelets Kouzka, pour calmer tout le monde, chante la ballade de la Médisance. Mais la fête tourne court, car le scribe entre, essoufflé, et annonce aux streltsy que les pétrovsky attaquent leurs femmes et leurs enfants. Les streltsy appellent alors le prince Ivan et exigent qu’il les mène au combat. Mais leur chef leur conseille plutôt de rentrer chez eux et d’attendre qu’on décide de leur sort.

Acte IV
Dans la maison du prince Khovanski

Le prince est à table et ses paysannes essaient de le divertir par des chansons. Entre un envoyé de Golitsine qui vient le prévenir que sa vie est en danger. Furieux qu’on vienne le déranger chez lui avec de semblables menaces, Khovanski fait punir le messager et fait venir ses esclaves persanes pour qu’elles dansent devant lui. La danse est interrompue par l’arrivée de Chakloviti, qui l’invite à participer au Grand Conseil qu’a convoqué d’urgence le tsarevna Sophie. Le prince en est flatté et se fait apporter ses habits de cérémonie. Mais à peine a-t-il franchi le seuil de la porte qu’il tombe, assassiné.

Sur le parvis de la Basilique de Basile le Bienheureux à Moscou

Le peuple se réunit pour voir passer Golitsine, exilé en pays lointain. Dosifei déplore la perte des deux grands nobles : Khovanski et Golitsine. Marfa présente à Dosifei la décision du Grand Conseil : les pétrovsky ont reçu l’ordre d’exterminer les Vieux-Croyants. Andrei entre précipitamment. Il accuse Marfa d’avoir éloigné Emma, dont il est amoureux. Marfa lui répond que la jeune fille est maintenant bien loin et qu’elle a vraisemblablement rejoint son fiancé, exilé par Andrei. Celui-ci veut alors la faire arrêter comme sorcière et appelle ses streltsy. Mais à son appel répondent les soldats du tsar qui sortent du Kremlin, conduisant au supplice les streltsy. Andrei implore Marfa de le sauver et elle le conduit en sûreté. Tandis que la foule demande la mort des streltsy, le héraut annonce qu’ils ont été graciés.

Acte V
Dans une pinède près de Moscou

Dosifei annonce aux Vieux-Croyants que leur cause est perdue et les appelle à être fermes dans leur foi, à périr plutôt que de se rendre. Marfa, qui aime encore Andrei, voudrait le sauver du parjure. Celui-ci, justement, apparaît. Il cherche appui auprès de Marfa. Elle le console en lui rappelant leur ancien amour. On entend au loin la sonnerie de la garde, qui annonce la marche des troupes de Pierre. À ce signal, Dosifei et les Vieux-Croyants érigent un bûcher funéraire et le gravissent ensuite, une chandelle à la main. Marfa y met le feu avec son cierge. Lorsque les soldats du tsar arrivent, ils voient, terrifiés, les Vieux- Croyants périr dans les flammes.