Peintre, critique d'art et décorateur de théâtre, Émile César Victor Perrin se forge rapidement une excellente réputation dans le monde artistique. 

Au lendemain de la Révolution de 1848, Alexandre-Auguste Ledru-Rollin le désigne comme commissaire de la République à l’Opéra-Comique, dont il devient le directeur de mai 1848 à 1857, puis de février à décembre 1862. 

Nommé directeur de l'Opéra de Paris le 20 décembre 1862, il devient administrateur-entrepreneur (à son compte) le 14 mai 1866. Sous sa direction, l’Opéra traverse une période de prospérité. De nombreux ouvrages entrent au répertoire : L’Africaine de Meyerbeer (1865), Don Carlos de Verdi (1866), Hamlet d’Ambroise Thomas (1868), Faust de Gounod (1869) et Coppélia de Delibes (1870).

Les conséquences de la guerre franco-allemande empêchent Émile Perrin de poursuivre son mandat comme il le souhaite, et malgré sa prorogation jusqu’en avril 1877, il démissionne le 30 septembre 1870. Il continue toutefois de gérer l'établissement jusqu'au 9 mai 1871, date à laquelle il est révoqué. 

Il devient ensuite administrateur général de la Comédie-Française de 1871 jusqu’à sa mort.