Acte 1
Tamino, menacé par un énorme serpent, perd connaissance. Trois Dames apparaissent, tuent le serpent et partent à la hâte pour informer leur maîtresse, la Reine de la Nuit, de la présence du bel étranger. Tamino revient à lui et rencontre Papageno, l’oiseleur de la Reine de la Nuit. Alors que Papageno n’accepte que trop volontiers les remerciements de Tamino pour avoir tué le serpent, les trois Dames réapparaissent. Pour le punir de son mensonge, elles ferment la bouche de Papageno avec un cadenas.

Elles montrent à Tamino un portrait de Pamina, la fille de la Reine de la Nuit, dont le jeune homme tombe immédiatement amoureux. La Reine elle-même apparaît et prie Tamino d’arracher Pamina des mains de Sarastro qui, dit-elle, l’a enlevée. Tamino accepte. Les Dames délivrent Papageno de son cadenas. Tamino reçoit une flûte enchantée, qui doit le protéger de tous les dangers ; pour sa part, Papageno, qui doit accompagner Tamino, se voit remettre un carillon. Trois jeunes garçons seront aux côtés de Tamino et Papageno pour leur servir de guides dans leur périlleux voyage. Derrière les murs du royaume de Sarastro, Monostatos essaie de violer Pamina. Effrayé par l’apparition soudaine de Papageno, il abandonne et s’enfuit. L’oiseleur informe Pamina que Tamino est tombé amoureux d’elle et que les deux hommes sont venus pour la délivrer. Pamina est au comble du bonheur ; dans un duo avec Papageno, elle se réjouit de trouver quelqu’un que l’on puisse aimer.

Les trois jeunes garçons conduisent Tamino jusqu’au temple de Sarastro. Là, un prêtre l’avertit que les apparences sont souvent trompeuses. Des voix venues d’on ne sait où rassurent Tamino : Pamina est en vie. Débordant de joie, Tamino joue de sa flûte enchantée. Puis, lorsqu’il entend les appels de Papageno, il se hâte de partir à la recherche de son ami et de Pamina. Cependant, ceux-ci sont rapidement rattrapés par Monostatos et ses sbires. Papageno joue immédiatement de son carillon. Ainsi, lui-même et Pamina ne sont pas faits prisonniers, car leurs agresseurs, comme transformés, les laissent aller. Sarastro paraît. Il affirme à Pamina qu’elle est libre de choisir qui elle veut aimer – mais qu’elle n’est pas encore libre de quitter le temple.

Monostatos apparaît, traînant derrière lui Tamino, prisonnier, et il réclame une récompense. Au lieu de cela, il est châtié. Quand Tamino et Pamina se déclarent mutuellement leur amour, Sarastro ordonne aux prêtres de conduire Tamino et Papageno dans le temple pour y être purifiés.  

Acte 2
Les épreuves commencent. Les prêtres exigent de Tamino et Papageno qu’ils observent le silence le plus complet ; les deux hommes y parviennent avec un succès assez inégal. Tamino bat froid même les trois Dames – la première épreuve est surmontée. La Reine de la Nuit paraît et ordonne à sa fille Pamina de tuer Sarastro. Mais Pamina résiste. Avec l’aide des trois jeunes garçons, Tamino et Papageno réussissent également l’épreuve suivante. Tamino, à qui l’on a de nouveau ordonné de garder le silence, rencontre Pamina.

Elle se sent repoussée. Sarastro loue la fermeté de Tamino et appelle les deux amoureux près de lui. Mais Pamina est désespérée. Seuls les trois jeunes garçons peuvent l’empêcher de se suicider. À présent, elle veut subir la dernière épreuve en compagnie de Tamino. L’amour les conduit tous les deux à travers les épreuves de l’eau et du feu. Papageno se réjouit d’être avec Papagena, dont il a pu faire la connaissance en dépit d’un comportement très médiocre au moment des épreuves. De nouveau séparé d’elle, lui aussi veut se pendre et de nouveau ce sont les trois jeunes garçons qui empêchent un suicide.

Le carillon attire Papagena comme par enchantement. Monostatos, de concert avec la Reine de la Nuit et les trois Dames, fait une ultime tentative pour mettre à l’épreuve l’amour de Pamina et de Tamino. Sarastro et les Prêtres apparaissent. Ils annoncent le début d’un nouveau jour et saluent les amants, nouveaux membres du cercle des élus.